En 1445, según lo indica el códice mendocino, los aztecas encabezados por Moctezuma, conquistaron Tepalcingo, no sin haber presentado fuerte resistencia sus moradores, siendo finalmente sometidos para obligarlos a entregar tributo a los aztecas o mexicas. Se dice además que en el siglo XVIII, una tribu mixteca eligió este lugar como el adecuado para formar el pueblo de Tepalcingo, se cree que fue en el barrio de la concepción donde tuvo su principio y fundación en el año de 1272, por un grupo de personas entre mujeres, hombres y niños de la raza mixteca que se desprendió de lloala que hoy es conocido como Iguala Guerrero. También se cree que se poblaron los cerros de Zopiloapan al los ancianos llamaban pueblo viejo, localizandose al poniente de Tepalcingo, aunado al hecho de que ahí se han encontrado ruinas que acreditan que habitaron en ese lugar los Tepalcincas.

El municipio se ubica geográficamente entre los paralelos 18°26' de latitud norte y los 98°18' de longitud oeste del meridiano de Greenwich, a una altura de 1,100 metros sobre el nivel del mar

Antecedentes coloniales: Tepalcingo, fue uno de los pueblos morelenses que perteneció a las tierras denominadas como realengas, ya que pagaban tributo a la corona real; posteriormente, apareció como sujeto de Yecapichtlan según el testimonio de Cortés del año de 532 junto con otros pueblos que a continuación se mencionan pagando tributo al marquesado: Tecpatzcinco, Tlayacac, Xalostoque, Atotonilco, Usuchapa, Tetelilla, Xonacatepeque, Xantetelco y Amayuca. Los descendientes de Cortés no pudieron enfrentar el poder de la corona, Martín Cortés, hijo del conquistador, paso buena parte de su vida defendiéndose de las acusaciones de conspiración que le hacían sus enemigos. También enfrentó la lucha de independencia de los pueblos que no querían ser sujetos del marquesado, esto a partir de 1565, en donde se incluía a Tepalcingo en lo que se denomino como la “Tlalnahuac” . Más tarde por falta de descendencia masculina de la familia Cortés, el marquesado pasó por línea femenina a los duques de Terranova, y más tarde aún a los duques de Monteleone, que no residirían en Morelos, ni siquiera en México; no les interesaba la política sino las rentas de la tierra y los tributos cobrados mediante administradores. Desde la época del primer marques, parte de ese dinero se destinó al sostenimiento del hospital de Jesús, en la ciudad de México. En 1829 Vicente Guerrero abolió al marquesado; sin embargo, por mucho tiempo una parte de las propiedades permanecería en manos de los descendientes del ambicioso conquistador. Siglo XIX : A principio de este siglo, el territorio del actual Estado de Morelos formaba parte del Estado de México. Tepalcingo, como casi todos los pueblos del oriente, recibían muy tarde el auxilio de las fuerzas de seguridad, que tenían que viajar desde Toluca para buscar solución a los problemas que surgían tanto en las haciendas como en los pueblos de esta región. Este municipio a la creación del Estado de Morelos en 1869, formó parte de esta nueva entidad, con el carácter de municipio y el 14 de junio de 1872, se le agrego a esta municipalidad el pueblo de Huautla. Esta nueva organización política buscaba entre otras cosas establecer la seguridad pública. En la historia de Morelos la asociación entre violencia y agrarismo es más o menos clara a lo largo del siglo XIX. El despojo que hacían las haciendas de las tierras de los pueblos fue causa de continuas quejas y peticiones de justicia en las comunidades, peticiones que en muchos casos no fueron escuchadas. En 1853, en el departamento de Jonacatepec los campesinos de Tepalcingo pedían la restitución de sus tierras. Entre 1895 y 1910 la población declinó en solo cuatro comunidades y siempre en menos de un10%. En la de mayor tamaño, Tepalcingo, el descenso demográfico se originó no por emigración, sino por epidemia de viruela que apareció en 1903. Esta enfermedad en el periodo comprendido del 24 de junio hasta el 23 de agosto de ese mismo año empezó a generalizarse en toda la población; en los meses de septiembre y octubre se construyo una “barraca”, en la salida de la población al lado sur al pie del cerro “Tepactzin” . Por lo que en noviembre y diciembre todos los niños enfermos para evitar el contagio son llevados a la “ Barraca”, el día 3 de enero de 1904 fue quemada dicho lugar. La viruela mató a 574 niños y solo uno se salvo, éste se llamaba Jesús Moreno.

La flora está constituida principalmente por: selva baja caducifolia de clima cálido con las siguientes especies características, jacaranda, tabachín, casahuate, ceiba, bugambilia etc. La fauna la constituyen: venado cola blanca, jabalí de collar, mapache, tejón zorrillo, armadillo, liebre, conejo común, coyote, gato montés, comadreja, cacomixtle, tlacuache, murciélago, pájaro bandera, chachalaca, urraca copetona, zopilote, áura, cuervo, lechuza y aves canoras y de ornato.

Dentro de la reserva existe una mina de plata cercana al pueblo de Huautla, que desde hace cinco años se encuentra sin ser explotada.

Centros turísticos De las zonas de recreación en el municipio, tenemos el balneario Atotonilco de aguas termales, este balneario tiene fama en todo el país y aun internacionalmente, por las propiedades curativas de sus aguas. Inclusive el conquistador Hernán Cortés cuenta la tradición que iba a cazar venados a Ixtlilco el Chico y pasaba a bañarse en el manantial de aguas termales que había en lo que hoy es el pueblo de Atotonilco. Se cuenta también con: El Centro Prehispánico “Pueblo Viejo “ y Ecoturismo-reserva ecológica de la Sierra de Huautla en donde estudiosos de la ciencia, nacionales y extranjeros se dan cita para realizar una serie de investigaciones de la selva baja caducifolia, lugar de gran riqueza natural, orgullo ecológico de nuestro municipio, el Cerrito Tepactzin desde el cual se levanta una vista panorámica indescriptible por su belleza. “La Presa” de las localidades también constituyen una fuente rica de atractivo para propios y extraños.